■ 사건 요약

원고는 2009-2013 사업연도에 구 조세특례제한법에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구⦁인력개발비 등(이하, ‘이 사건 연구비 등’이라고 합니다)을 지출하였으나, 최저한세 미달 등으로 인하여 이 사건 연구비 등을 위 각 사업연도 법인세에서 세액공제 또는 이월공제를 받지 못하였습니다.

지방세법은 2014. 1. 1. 개정되면서 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식으로 변경되었습니다.

원고는 개정 지방세법 시행 전에 투자한 이 사건 연구비 등으로 2014 사업연도 이후 법인세에 대한 이월공제를 받는 경우, 확정된 법인세 이월공제액에 비례한 법인지방소득세는 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 종전 규정에 의하여 부과⦁감면되어야 한다고 주장하였습니다. 이에 따라 피고의 거부처분은 취소되어야 한다고 주장하였습니다.

피고는 소송대리인으로서 이 사건 경과규정이 적용되지 않음을 주장하며, 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 경정청구에 대하여 이를 거부한 것은 적법하다고 주장했습니다.

제1심은 원고의 청구를 기각하였으나, 제2심은 원고의 청구를 인용하였고, 대법원은 제2심판결을 파기하고 사건을 수원고등법원에 환송하였습니다.

대법원은 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다고 판시하였습니다.

■ 의의

이번 대법원 판결은 종래의 조세 사건에서 이 사건 경과규정을 해석함에 있어 “납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에까지 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다”는 대법원 판례의 입장을 확고히 확인한 것입니다.

즉, 이번 판결은 이 사건 경과규정에 대해 조세감면에 대해 엄격한 해석을 적용하며, 종전 규정에 의한 조세감면이 기득권으로 보호될 수 없다는 점을 명확히 하였습니다.

이 판례는 향후 조세 사건에서 이와 유사한 경과규정 해석에 큰 영향을 미칠 것으로 예상됩니다.