[조세] 법인지방소득세 경정청구에 대한 거부처분 취소 소송과 관련하여 파기환송 판결 받은 사례 

1. 사건 요약

원고는 2009-2013 사업연도에 구 조세특례제한법에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구⦁인력개발비 등(이하, ‘이 사건 연구비 등’이라고 합니다)을 지출하였으나, 최저한세 미달 등으로 인하여 이 사건 연구비 등을 위 각 사업연도 법인세에서 세액공제 또는 이월공제를 받지 못하였습니다.

지방세법은 2014. 1. 1. 개정되면서 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었습니다.

원고는 원고가 개정 지방세법 시행 전에 투자한 이 사건 연구비 등으로 2014 사업연도 이후 법인세에 대한 이월공제를 받는 경우, 확정된 법인세 이월공제액에 비례한 법인지방소득세는 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 종전 구 지방세법 규정에 의하여 부과⦁감면되어야 한다고 주장하면서 법인지방소득세 경정청구에 대한 피고의 거부처분은 취소되어야 한다고 주장하였습니다.

이에 법무법인 동인은 피고의 소송대리인으로서 지방세법 부칙 제15조 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라는 규정(이하, ‘이 사건 경과규정’이라고 합니다)은 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등을 근거로 이 사건에는 적용되지 아니함을 주장하면서 원고의 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 경정청구에 대하여 피고가 이를 거부한 것은 적법하고 정당하다고 주장하였습니다.

제1심은 원고의 청구를 기각하였으나, 제2심은 원고의 청구를 인용하였고, 대법원은 제2심판결을 파기하고 사건을 수원고등법원에 환송하였습니다.

대법원은 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014-2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정’을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다고 판시하였습니다.

2. 의의 

 이번 대법원 판결은 종래 조세 사건에 있어서 이 사건 경과규정을 해석함에 있어 “납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에까지 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다” 취지의 대법원 판례의 입장을 그대로 확인하고 적용한 점에서 의의가 있습니다. 

즉, 이 사건 경과규정을 해석함에 있어 조세감면에 대하여 상당히 엄격한 해석을 하고 있음을 분명히 하였습니다. 이 사건 경과규정에 대한 대법원 판례는 앞으로의 조세사건에 있어서도 그대로 적용될 것으로 예상됩니다.